Dòng thứ hai là hệ thống các vị thần Thành hoàng được tôn thờ tại các đình làng trong cả nước. Đó mới là dòng chủ thể phản ánh bản chất tư duy tôn giáo tín ngưỡng Việt Nam. Theo quan điểm Nho giáo của triều đình phong kiến Việt Nam, kể từ thời nhà Hậu Lê trở đi, nhà vua với tư cách làm chủ bách thần, nên đã sắc phong cho các vị thần Thành hoàng của các làng và tất cả các vị thần anh linh trong cả nước theo ba hạng: Thượng đẳng thần, Trung đắng thần, Hạ đẳng thần, tuỳ theo công trạng và đức độ của họ đối với làng nước. Tuy nhiên, trước đây ồ nhiều làng xã vẫn tôn thờ một số các vị thần Thành hoàng không được vua phong sắc, là do lí lịch và thần tích của họ không rõ ràng, hoặc vị thần đó có nguồn gốc là “Tà thần” hay “Dâm thần” theo quan niệm của Nho giáo chính thông, nên không được nhà vua phong sắc. Song nhìn chung, các vị thần Thành hoàng làng dù có sắc phong hay không có sắc phong đều được dân gian người Việt tôn thờ và kính trọng gọi chung là thần Thành hoàng làng, với tên họ và lai lịch rõ ràng, cùng với bản thân tích ngợi ca công đức to lớn của thần đã bảo hộ, cứu giúp dân làng trong cuộc sống và trong sự nghiệp dựng làng giữ nước vẻ vang của dân tộc ta.
Nếu ta truy nguyên gốc các vị thần Thành hoàng làng thì họ đều có nguồn gốc rất phức tạp. Phần lớn trong số họ có nguồn gốc là nhân thần, đó chính là các anh hùng lịch sử, các danh nhân văn hoá và các vị Tổ sư bách nghệ. Phần còn lại trong hệ thống thần Thành hoàng ở nước ta có nhiều vị thần nguồn gốc tự nhiên (còn được gọi là các vị thiên thần hoặc nhiên thần), được thờ khá nhiều ở làng xã, như các vị Sơn thần (thần Núi) gồm: Tản Viên Sơn thần, thần Cao Sơn và thần Quý Minh… được thờ ở nhiều làng xã vùng châu thổ Bắc Bộ. Riêng vị thần Cao Sơn được một số làng xã ở Thanh Hoá và Nghệ An tôn thờ và gọi là thần Cao Sơn Cao Các, hay chỉ gọi ngắn gọn là thần Cao Các. Trong quá trình tiến vào Nam, thì có lẽ một bộ phận cư dân của những làng này đã mang theo tín ngưỡng thờ thần Cao Các vào miền Trung và miền Nam, rồi khai phá đất đai, dựng làng lập ấp, dựng đình tôn thồ thần Cao Các làm thần Thành hoàng như ở quê gốc. Vì vậy, ở một sô làng xã ở vùng Huê” và Nha Trang, cũng như ở TP. Hồ Chí Minh và Bến Tre, kể từ đó đến nay vẫn còn tôn thờ thần Cao Các làm thần Thành hoàng làng. Mặt khác, khi đình làng theo dấu chân người Việt trên con đường Nam tiến, thì tín ngưỡng thờ ở đình làng người Việt cũng có sự giao lưu và ảnh hưởng của tín ngưỡng Chăm và Khơmer. Nhiều đình làng ở miền Trung còn thờ nữ thần Chăm là bà Thiên Yana làm thần Thành hoàng (làng Hải Cát, Hương Trà, Thừa Thiên – Huể), bên cạnh các vị thần Việt khác. Một sô ngôi đình làng ở Nam Bộ cũng thờ bà Thiên Yana, cùng với các vị thần có nguồn gốc Khmer khác, như Trà Viên tưống quân, Nặc Non vương, v.v…
